已在热带森林、海岸带、滨海岛礁、水库消落区等方面，研究退化环境中生态系统成员在形态、结构和功能上的变化等方面取得了一些理论依据及实践方法。谭正洪教授团队对热带雨林生态系统的结构和功能积累了多年的研究基础，对热带雨林碳-水耦合机制及其对全球变化的响应有了初步的了解和认识；杨帆教授团队主要利用植物生态生理学和恢复生态学的基本原理和方法，开展松涛水库消落区植被恢复适宜物种的筛选及耐水淹机制研究，初步筛选出消落区植被恢复的适宜物种。刘文杰教授团队在海南岛海岸带土地利用类型及其动态方面有着较多的研究积累，基本摸清了近30年来海南岛海岸带的土地利用类型及其变化和主要影响因素，为海岸带脆弱生态系统的保护与恢复奠定了重要基础；赵洪伟副教授等人对海南珊瑚礁生态系统的分布及其近30年来受海洋污染的影响情况进行了研究，初步明确了海南岛近海氮磷与除草剂污染与珊瑚礁退化的关联性，明确了农牧生产和食物链（农牧生产-食品加工-消费）体系氮素流动规律及其对近海的环境效应，为近海典型生态系统的恢复与修复奠定了基础。

图9 室内模拟珊瑚礁生态系统退化演变过程

针对南海周边热带雨林生物多样性保育、区域生态安全等开展了城郊湿地、城市古建筑附生植物、局域森林样地监测等研究，初步分析了城市自然生物多样性的重新评估方法、局域生物地化循环等。对菲律宾吕宋岛Makiling、Arayat两座代表性山峰的退化雨林开展了植被调查，与菲律宾邦板牙国立农业大学、菲律宾大学内湖省分校等科教机构探讨了受损生态系统的修复等。

对处于南海最南端的婆罗洲（加里曼丹岛）开展了退化雨林群落结构、昆虫多样性及生态恢复措施的考察与交流，与当地科教机构和环保人士交流海南岛相关经验，初步探讨了在婆罗洲北部的沙巴地区开展联合研究和生态恢复技术的试验。