一、专利申请合同纠纷解决方式有哪些?

专利申请合同纠纷，可以通过调解方式解决。通常是纠纷双方约定一方或双方让步，消除其间存在的争议。调解一般是在第三人的参与下进行，在我国多为律师或专利行政管理机关参与调解。由于这种方式给争议双方制造了一种较缓和的气氛，大多数情况下也能顾全当事人的声誉，所以通常能为双方当事人所接受。实践中已创造了不少的先例。但是，由于这是一种诉讼外的调解，双方达成的调解协议不具有法律效力，而是靠当事人自觉履行。如果一方或双方当事人不履行调解协议，则无法请求强制执行。当事人对达成的调解协议反悔的，有权向人民法院提起诉讼。此外，调解也不是解决专利合同纠纷的必经程序。

二、专利申请合同纠纷包括哪些类型?

专利合同诉讼是指因为不履行或部分履行专利合同而引发的诉讼。这类诉讼涉及的事项是合同约定或 法律规定的权利和义务。在这类诉讼中，合同当事人的违约行为是引起诉讼的重要原因和事由，专利实施许可合同或转让合同是判断和解决这类诉讼的重要依据。这类诉讼通常应当涉及双方签订的书面许可合同或书面转让合同，但也包括构成事实上的专利实施许可或专利转让但没有书面协议的情况。专利合同纠纷包括：

1、专利申请权转让合同纠纷;

2、专利权转让合同纠纷;

3、发明专利实施许可合同纠纷;

4、实用新型专利实施许可合同纠纷;

5、外观设计专利实施许可合同纠纷;

6、专利代理合同纠纷。

三、专利申请合同纠纷的管辖法院是哪里?

由于合同标的物所涉专利权的特殊性，最高人民法院对专利合同纠纷管辖作出了特殊规定，即知识产权案件的受理必须遵守司法解释关于指定管辖和级别管辖的相关规定。最高人民法院《关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》第2条规定，各省、自治区、直辖市人民政府所在地的中级人民法院和最高人民法院指定的中级人民法院可以受理专利纠纷第一审案件。

综上所述，专利纠纷的种类很多，包括专利申请合同纠纷，专利转让纠纷及专利代理纠纷等。解决专利申请纠纷，当事人可以选择协商的方式，违约的一方承担赔偿损失。另外，调解、仲裁及诉讼也是处理合同纠纷的主要方式。如果最终选择诉讼的话，要在诉讼时效内提出，否则就失去胜诉权。